1949年之后歷經(jīng)政治運(yùn)動(dòng)，竺可楨還保留著自由主義思想。1956年，他在懷仁堂聽了陸定一作《百花齊放，百家爭(zhēng)鳴》報(bào)告后，曾與一位黨內(nèi)老干部說(shuō)：“我看蔡元培主持北大時(shí)，學(xué)術(shù)自由比現(xiàn)在還自由一些，那時(shí)他提倡科學(xué)自由，因此既讓李大釗自由發(fā)表他的意見”，“可是我們現(xiàn)在并不讓胡適、胡風(fēng)這類人進(jìn)行自由爭(zhēng)論。”（中國(guó)科學(xué)院院史資料室《討論陸定一同志“百花齊放，百家爭(zhēng)鳴”的報(bào)告》）

1957年夏，很多正直的知識(shí)分子被“引蛇出洞”，積極響應(yīng)上級(jí)的號(hào)召，向黨提出批評(píng)建議，隨即被秋后算賬，打成“右派”，受到政治迫害。竺可楨積極響應(yīng)反右，但有底線，只批判觀點(diǎn)，不搞人身攻擊。

9月23日，在中科院各黨派反右大會(huì)上，他作了長(zhǎng)達(dá)15分鐘、題為《誰(shuí)說(shuō)黨不能領(lǐng)導(dǎo)科學(xué)？》的批判發(fā)言，開篇就說(shuō)：“右派分子所提出的‘今不如昔’、‘外行不能領(lǐng)導(dǎo)內(nèi)行’、‘黨不能領(lǐng)導(dǎo)科學(xué)’等等謬論，經(jīng)過(guò)近三個(gè)月來(lái)各方面的辯論和批駁，已經(jīng)徹底破產(chǎn)了” ，最后才點(diǎn)名右派分子袁翰青、楊肇燫。