一直到5月中，陳子明仍相信運動是暫時的。在社經所（北京社會經濟科學研究所）內部的會議上，他給情緒高漲的同事們潑冷水。他說胡耀邦值得敬重、卻遠沒有那么崇高，他也說街頭的學生讓他感到另一種悲哀——“四五運動”過去了13年，街頭與廣場似乎還是唯一的表達方式。在知識界的幾次重要的簽名中，他一次也沒參加。他期望通過克制與審慎來守住“北京社會經濟科學研究所”這個難得的平臺，他們已成功地在政府改革派與民間反對派、商業實踐與社會理想之間搭建了平臺，他渴望政治變革，卻相信要通過這種漸變的方式。在一次與香港記者的談話中，他期望能把民主從街頭引向人民大會堂。

但當廣場學生開始絕食后，整個北京被籠罩在一種強烈的悲情中，這種審慎變得可疑、難以維持。1989年的夏天似乎注定慌亂，在日漸嘈雜與悲壯的廣場上，只有激進的聲音才能贏得追隨，中南海內的強硬派也占據了上風。他與王軍濤、包遵信、劉剛等人創建的“首都各界愛國維憲聯席會議”，試圖創造出某種緩沖地帶，卻與很多試圖做出類似努力的人與團體一樣，最終發現中國像是一臺剎車失靈的機車，不管各方如何努力，它還是沖進了血腥里。不管披上了多少改革的外衣，這個政權的殘酷性從未改變。

逃亡與清算也隨之而來。陳子明發現自己與王軍濤及方勵之、嚴家祺、萬潤南、蘇曉康、劉曉波、包遵信、陳一咨等背景與身份迥然不同的人（這些人也都曾力圖緩解激進化傾向，至少他們日后的回憶都是如此），都成為中共宣傳機器描述的幕后“黑手”，他們與被通緝的21名學生領袖恰成對照。這是共產黨最鐘愛的罪名之一，它不相信人民有自主意識，一切都來自陰謀與操縱。